Caso o candidato tenha realizado mais de uma entre as três últimas edições do Enem, será considerada, para cada curso, aquela edição que mais favorece o candidato, com base na média ponderada das notas do Enem de cada edição. Os candidatos com os melhores desempenhos são classificados de acordo com as opções de curso escolhidas, o número de vagas disponíveis, as modalidades de concorrência selecionadas e os pesos definidos para cada curso pela instituição.
O Sisu considera diferentes modalidades de concorrência, que levam em conta o perfil socioeconômico dos candidatos, de acordo com a Lei de Cotas (Lei nº 12.711/2012), e também de acordo com as ações afirmativas definidas por cada instituição. Cada candidato pode se inscrever em todas as modalidades que correspondam ao seu perfil, devendo ficar atento à comprovação, junto à instituição, das informações da modalidade em que for selecionado, no momento da matrícula.